تسهیل تجارت می تواند برای همه کشورها اعم از صادرکننده و واردکننده مفید باشد و دسترسی آنها به نهاده های تولید و مشارکت آنها در زنجیره های ارزش جهانی را افزایش دهد. در این میان، کاهش زمان و هزینه های فرایندهای گمرکی نقش مؤثری در تسهیل تجارت و بهبود شاخص های کسب و کار دارد؛ ازاین رو شناسایی و رفع چالش های حوزه گمرک از اهمیت بالایی برخوردار است. در این مقاله برخی از مهم ترین چالش های گمرک از قبیل تعدد گمرک ها، تعدد رویه ها، شیوه ارزش گذاری و تعیین تعرفه، مدیریت یکپارچه مرزی، استقرار سامانه ها، تعلل در صدور مجوزها، قاچاق کالا، رسوب کالا در اماکن گمرکی، کمبود منابع انسانی و مالی گمرک، ضعف لجستیکی و زیرساختی چالش در مدیریت کالاهای متروکه و اموال تملیکی ، چالش های ناشی از تحریم های ظالمانه در مبادلات مالی و کالایی با سایر کشورها و ... مورد بررسی قرار گرفته است. در بخش پایانی مقاله، راهکارهایی برای توسعه تعاملات میان گمرک و مناطق آزاد و ویژه اقتصادی ارائه شده است. این راهکارها با تمرکز بر رفع موانع اجرایی، تسهیل فرآیندهای تجاری، و حمایت از واحدهای تولیدی، می‌توانند زمینه‌ساز جهش صادراتی و ارتقای جایگاه ایران در تجارت منطقه‌ای و جهانی باشند